Dr. Zekirja Shabani ka lindur në Gjilan. Arsimin fillor dhe të mesëm të ulët e ka përfunduar në vendlindje, në Tërpezë, ndërsa arsimin e mesëm të lartë në Viti. Në vitin akademik 2013/2014 filloi studimet universitare në Universitetin “Hasan Prishtina” në Prishtinë, në Fakultetin Filozofik, Departamenti i Historisë, ku diplomoi në vitin 2016. Në vitin akademik 2016/2017 u regjistrua në studimet master në të njëjtin universitet, në drejtimin Histori e Kohës së Re (shek. XIX–XX), të cilat i përfundoi në vitin 2018. Në vitin akademik 2019/2020 si bursist filloi studimet e doktoraturës në Histori Moderne në Universitetin e Stambollit, ku në dhjetor të vitit 2024 mbrojti disertacionin e doktoraturës. Gjatë të gjitha fazave të formimit të tij akademik, ai ka demonstruar performancë të shkëlqyer dhe është renditur vazhdimisht ndër studentët më të dalluar. Që nga viti 2022, është i punësuar si punonjës shkencor në Institutin Albanologjik në Prishtinë, fillimisht në pozitën e Hulumtuesit të Ri në Degën e Historisë. Pas përfundimit të studimeve të doktoraturës, në vitin 2025 u avancua në pozitën e Hulumtuesit të Pavarur Shkencor në të njëjtin institucion. Angazhimi i tij shkencor përfshin pjesëmarrje aktive në konferenca, simpoziume, seminare dhe sesione të shumta shkencore kombëtare dhe ndërkombëtare, të mbajtura në Kosovë, Turqi, Greqi, Shtetet e Bashkuara të Amerikës, Zvicër, Estoni, Ukrainë, Gjermani, Slloveni, Itali, Suedi, Emiratet e Bashkuara Arabe dhe Azerbajxhan. Zekirja Shabani është autor i disa artikujve shkencorë të botuar në revista dhe platforma akademike kombëtare dhe ndërkombëtare (Scopus&WoS). Aktiviteti i tij kërkimor përfshin punë të gjerë arkivore, të zhvilluar në Arkivin Osman të Presidencës së Republikës së Turqisë në Stamboll, si dhe në Arkivin Shtetëror Austriak në Vjenë. Interesat e tij kryesore kërkimore lidhen me periudhën osmane, me fokus të veçantë në historinë sociale, ekonomike, kulturore, arsimore, urbane dhe administrative. Ai zotëron gjuhën shqipe (gjuhë amtare), si dhe gjuhët turke, angleze dhe turqishten osmane.