Halil Ibrahimi është doktor i shkencave të biologjisë dhe profesor në Universitetin e Prishtinës, Fakultetin e Shkencave Matematiko-Natyrore, Departamentin e Biologjisë që nga viti 2002. Puna e tij akademike dhe shkencore është e përqendruar në biologjinë e ujërave të ëmbla, entomologjinë, biodiversitetin dhe ekologjinë.

Studimet master i përfundoi në vitin 2007 në Universitetin e Sarajevës, kurse studimet e doktoratës i përfundoi në vitin 2011 në Universitetin e Zagrebit, në fushën e ekologjisë dhe zoologjisë.

Fusha e tij e kërkimit përfshin insektet ujore, biodiversitetin, ekologjinë dhe taksonominë. Në punën e tij shkencore përdor të dhëna nga terreni, analizat morfologjike dhe analizat molekulare për të studiuar përhapjen, dallimet dhe rëndësinë ekologjike të llojeve të insekteve. Gjatë punës së tij ka zbuluar dhe përshkruar disa lloje të reja insektesh për shkencën.

Kërkimet e tij janë të përqendruara kryesisht në Ballkan, Evropë, Lindjen e Mesme, Kaukaz dhe Afrikën Veriore. Ka publikuar punime shkencore në revista ndërkombëtare dhe ka marrë pjesë në projekte, konferenca dhe bashkëpunime shkencore brenda dhe jashtë vendit. Përmes punës akademike, kërkimeve në terren dhe bashkëpunimeve me studiues nga vende të ndryshme, ka dhënë kontribut në njohjen e biodiversitetit dhe ekologjisë së ujërave të ëmbla në Kosovë dhe më gjerë.