Kodi i Fshehur i Kancerit: Çfarë na Tregon Epigjenetika për Tumoret e Trurit

Hyrje: Mbi Gjenomikën dhe Kufijtë e saj

Çdo qelizë e organizmit njerëzor mbart një informacion gjenetik identik, duke ndarë të njëjtën sekuencë të acidit dezoksiribonukleik (ADN) që shërben si manuali i plotë udhëzues për zhvillimin biologjik. Megjithatë, diferencimi qelizor dikton që një hepatocit të shfaqë profile funksionale dhe morfologjike krejtësisht të dallueshme nga një neuron, ashtu siç një qelizë epiteliale ndryshon radikalisht nga një element i linjës hematopoietike. Ky diversitet fenotipik, në prani të një gjenomi konstant, rregullohet nga një shtresë komplekse e kontrollit biologjik e njohur si epigjenetika.

Për dekada me radhë, paradigma dominuese në onkologji ka qenë ekskluzivisht gjenetike, ku kancerogjeneza konceptohej primarisht si pasojë e mutacioneve pikësore, translokacioneve ose amplifikimeve në sekuencën primare të ADN-së [10]. Pa dyshim, identifikimi i onkogjeneve dhe gjeneve supresore të tumorit (tumor suppressor genes - TSG) mbetet një gur themeli në mjekësinë molekulare [11]. Sidoqoftë, ky model reduksionist nuk arrinte të shpjegonte plotësisht heterogjenitetin intratumoral: përse tumoret me arkitekturë histologjike identike dhe profile të ngjashme mutacionale shfaqin sjellje klinike të ndryshme, apo përse disa nëntipe tumorale shfaqin rezistencë intrinseke ndaj kimioterapisë konvencionale, ndërsa të tjerat përgjigjen në mënyrë të favorshme [11].

Hulumtimet e avancuara të epokës post-gjenomike kanë dëshmuar se kanceri nuk është thjesht një sëmundje e gjenomit, por po aq edhe një patologji e epigjenomit [1, 12]. Çrregullimet në peizazhin epigjenetik rezultojnë në alterime të rëndësishme të programit transkriptues, duke përcaktuar se cilat gjene shprehen, në çfarë sasie, në cilin lokacion dhe në cilën fazë qelizore [2]. Kjo perspektivë e re ka sjellë implikime të thella në sferën e diagnostikimit, klasifikimit molekulur dhe strategjive terapeutike, me një fokus të veçantë në neuro-onkologji dhe tumoret e sistemit nervor qendror (SNC) [13, 14]. Kuptimi i këtyre mekanizmave dinamikë ofron një qasje optimiste, pasi ndryshe nga mutacionet gjenetike që janë kryesisht të pakthyeshme, modifikimet epigjenetike janë plastike dhe mund të ndikohen nga faktorë ekzogjenë, stili i jetesës dhe ndërhyrjet e targetuara terapeutike [14].

Çfarë është Epigjenetika?

Termi "epigjenetikë" i referohet ndryshimeve të trashëgueshme në shprehjen gjenike ose fenotipin qelizor, të cilat ndodhin pa alteruar sekuencën parësore të nukleotideve të ADN-së [2]. Këto modifikime rregullojnë aksesueshmërinë e makinerisë transkriptuese te gjenomi dhe ndahen në tre mekanizma kryesorë që ndërveprojnë në mënyrë sinergjike:

A. Metilimi i ADN-së

Ky proces biokimik konsiston në shtimin kovalent të një grupi metil (-CH3) në pozicionin 5' të unazës së citozinës, duke formuar 5-metilcitozinë (5mC) [15]. Ky modifikim ndodh pothuajse ekskluzivisht në kuadër të dinukleotideve citozinë-guaninë (dinukleotidet CpG) [16]. Rajonet gjenomike të pasura me këto sekuenca, të quajtura "ishujt CpG", lokalizohen kryesisht në rajonet promotore të gjeneve [15]. Hipermetilimi i dendur i këtyre ishujve në gjenet supresore të tumorit rekruton proteina specifike lidhëse (si MBD-të) dhe komplekse të histon-deacetilazave (HDAC), duke induktuar kondensimin e kromatinës dhe heshtjen (silencing) transkriptuese [1, 14].

B. Modifikimet Post-Translacionale të Histoneve

Në bërthamën qelizore, ADN-ja është e mbështjellë rreth një oktameri të proteinave histone (përbërë nga dy kopje të H2A, H2B, H3 dhe H4), duke strukturuar njësinë bazë të kromatinës: nukleozomin [17]. Bishtat amino-terminalë të këtyre histoneve i nënshtrohen modifikimeve specifike pas përkthimit, duke përfshirë acetilimin, metilimin, fosforilimin dhe ubikitinitimin [18].

1. Acetilimi i Histoneve: i katalizuar nga histon-acetiltransferazat (HAT), si në rastin e H3K27ac, neutralizon ngarkesën pozitive të mbetjeve të lizinës. Kjo zvogëlon afinitetin elektrostatik midis histoneve dhe ADN-së së ngarkuar negativisht, duke favorizuar një strukturë të hapur të kromatinës (eukromatinë) që lejon aksesin e ARN polimerazës II [18].
2. Metilimi i histoneve: mund të shërbejë si një shenjë aktivizuese ose represive, varësisht nga lizingu specifik dhe shkalla e metilimit (mono-, di-, ose tri-metilim) [19]. Për shembull, trimetilimi i histonit H3 në lizinën 27 (H3K27me3), i ndërmjetësuar nga kompleksi represiv Polycomb 2 (PRC2) përmes nënnjësisë së tij katalitike EZH2, shënjon mbylljen e kromatinës (heterokromatinë) dhe represionin gjenik [20].

C. ARN-të Jo-Koduese (ncRNAs)

Transkriptet e ARN-së që nuk përkthehen në sekuenca aminoacidike luajnë një rol kritik në rregullimin epigjenetik pas transkriptimit [21]. Kjo kategori përfshin mikroARN-të (miRNA) dhe ARN-të e gjata jo-koduese (lncRNA) [22]. MiRNA-të lidhen në mënyrë specifike me rajonet 3' të pashprehura (3'-UTR) të ARN-ve mesazhere (mRNA) target, duke nxitur degradimin e tyre ose duke inhibuar translacionin [21]. Ndërsa lncRNA-të (si p.sh., HOTAIR) mund të funksionojnë si udhërrëfyes (scaffolds) për rekrutimin e komplekseve modifikuese të kromatinës në lokuse të caktuara gjenomike [23].

Figura 1. Mekanizmat kryesorë epigjenetikë dhe roli i tyre në kancer. (Majtas) Metilimi i ADN-së: grupet CH3 mbi ishujt CpG heshtin gjenet supresore të tumorit. (Në mes) Modifikimi i histoneve: acetilimi (Ac) hap kromatinën ndaj transkriptimit, ndërsa metilimi (Me) e mbyll atë; EZH2 e hiperaktivizuar shtoni shenjën supresore H3K27me3 në glioblastomë (GBM). (Djathtas) ARN-të jo-koduese: miRNA-të si miR-21 dhe miR-10b heshtin gjenet supresore, ndërkohë që lncRNA HOTAIR koordinon rimetilim histonesh të gjeneralizuar. Shenjat onkogjenike janë treguar me ngjyrë të kuqe; funksioni normal mbrojtës me jeshile.

Epigjenetika si Mekanizëm i Kancerogjenezës

Në qelizat malinje, peizazhi epigjenetik pëson një transformim radikal që karakterizohet nga një paradoks i dyfishtë: një hipometilim global i gjenomit dhe një hipermetilim lokal i rajoneve specifike. Hipometilimi global kontribuon në instabilitetin gjenomik duke aktivizuar elementet gjenetike repetitive, si retroviruset endogjenë (ERV) dhe transpozonet, si dhe duke nxitur shprehjen aberante të onkogjeneve [24]. Anasjelltas, hipermetilimi lokal fokusohet në ishujt CpG të gjeneve supresore të tumorit, duke i inaktivuar ato në mënyrë funksionale [1].

Në sferën e neuro-onkologjisë, ky model ka gjetur aplikim të gjerë në karakterizimin e Glioblastomës (GBM) – tumori primar më agresiv dhe infiltrativ i trurit te të rriturit [5]. Një nga sukseset më të mëdha translacionale është identifikimi i statusit të metilimit të promoterit të gjenit MGMT (O6-methylguanine-DNA methyltransferase) [25]. Enzima MGMT është një proteinë riparuese që heq grupet alkil nga pozicioni O6 i guaninës, vend i cili shënjestrohet nga agjentët kimioterapeutikë alkilizues si Temozolomidi (TMZ) [25]. Kur promoteri i gjenit MGMT është i hipermetiluar (i heshtur epigjenetikisht), qelizat tumorale humbasin aftësinë për të riparuar dëmet e shkaktuara në ADN nga kimioterapia, duke rritur ndjeshëm ndjeshmërinë e pacientit ndaj trajtimit dhe duke përmirësuar mbijetesën globale [25]. Nëse promoteri është i pametiluar, enzima shprehet me densitet të lartë, duke çuar në rezistencë terapeutike [13].

Një tjetër shembull paradigmë përfaqësohet nga mutacionet në gjenet IDH1 ose IDH2 (izocitrat dehidrogjenaza), të pranishme në një pjesë të madhe të gliomave difuze [26, 28]. Këto mutacione gjenetike fitojnë një funksion të ri enzimatik (gain-of-function): në vend të shndërrimit të izocitratit në α-ketoglutarat (α-KG), ato reduktojnë α-KG në onkometabolitin 2-hidroksiglutarat (2-HG) [28]. Akumulimi intracelular i 2-HG inhibon në mënyrë kompetitive dioksigjenazat e varura nga α-KG, përfshirë demetilazat e ADN-së të familjes TET (Ten-Eleven Translocation) dhe demetilazat e histoneve me domen Jumonji (JHDM) [14]. Ky bllokim parandalon demetilimin fiziologjik të gjenomit, duke rezultuar në fenotipin hipermetilator të gliomës CpG (G-CIMP+) [27]. Pacientët me glioma G-CIMP+ shfaqin një profil klinik krejtësisht të dallueshëm, me një prognozë dukshëm më të favorshme krahasuar me tumoret me gjenotip IDH wild-type [26, 27].

Proteina HP1: Kujdestarët e Heterokromatinës

Ruajtja e integritetit strukturor dhe epigjenetik të gjenomit varet në shkallë të lartë nga familja e proteinave HP1 (Heterochromatin Protein 1), e cila te gjitarët përfshin tre izoforma të njohura: HP1α, HP1β dhe HP1γ, të koduara respektivisht nga gjenet CBX5, CBX1 dhe CBX3 [30]. Këto proteina veprojnë si "lexues" (readers) molekularë të shënuesit represiv H3K9me3 (trimetilimi i histonit H3 në lizinën 9) [3]. Përmes kromodomenit të tyre (chromodomain), proteinat HP1 lidhen specifikisht me H3K9me3 dhe, duke u oligomerizuar përmes kromoshadow-domenit (chromoshadow domain), shërbejnë si ura strukturore që mbajnë të kondensuar heterokromatinën konstitutive [29, 30].

Ky paketim i ngjeshur kromatinian është esencial për heshtjen e elementeve gjenetike repetitive, duke përfshirë retroviruset endogjenë (ERV) dhe sekuencat LINE/SINE [3]. Kur këto rajone humbasin kontrollin epigjenetik, riaktivizimi i tyre nxit instabilitet gjenomik masiv, rregullim aberant të transkriptimit dhe tranzicion drejt fenotipit malinj [3].

Hulumtimet themelore të botuara nga Saksouk, Hajdari et al. (Oncogene, 2020) kanë demonstruar se inaktivimi i proteinave HP1 në modelet in vivo shkakton tumorgjenezë agresive, duke konfirmuar se familja HP1 funksionon si një supresor kritik tumoral [4]. Humbja e HP1 destabilizon arkitekturën tridimensionale të kromatinës, duke bërë që qelizat të humbasin identitetin e tyre të diferencuar dhe të fitojnë aftësi proliferative dhe invazive [4]. Në neuro-onkologji, disbalanca e boshtit H3K9me3-HP1 është dokumentuar si një faktor kyç në progresionin e glioblastomave agresive dhe në transformimin anaplastik të meningjiomave, duke u lidhur drejtpërdrejt me instabilitetin kromozomal pericentromerik [9, 30].

Figura 2. Proteina HP1 dhe destabilizimi i heterocromatinës. (Majtas) Funksioni normal: HP1α, HP1β dhe HP1γ lexojnë shenjën H3K9me3 dhe ruajnë kompaktësinë e heterocromatinës, duke heshtur gjenet supresore dhe elementet repetitive. (Djathtas) Humbja e HP1 në kancer: heterocromatina shpërbëhet, gjenet onkogjenike dhe retroviruset endogjenë (ERV) riaktivizohen, dhe qeliza fiton fenotip malinj me proliferim të pakontrolluar. Bazuar në Saksouk N, Hajdari S et al., Oncogene 2020; Fanti L et al., Genes Chromosomes Cancer 2021.

Tumoret e Trurit: Meningjiomat si Model Studimi

Meningjiomat, të cilat origjinojnë nga qelizat meningoteliiale të membranës araknoidale, përfaqësojnë tumoret intrakraniale primare më të shpeshta te të rriturit [31]. Këto tumore ofrojnë një model të shkëlqyer për të ilustruar se si klasifikimi epigjenetik tejkalon kufizimet e vlerësimit histopatologjik konvencional. Ndonëse shumica e meningjiomave klasifikohen si beninje (Grada I sipas WHO) dhe trajtohen me sukses përmes ekscizionit kirurgjikal, një nëngrup i rëndësishëm i tyre shfaq një sjellje agresive të paparashikueshme, duke pësuar recidiva të shpeshta apo transformim anaplastik (Grada II dhe III) [5, 31].

Për shumë vite, ekzistonte një paradoks klinik ku tumoret me karakteristika histologjike identike nën ekzaminimin mikroskopik shfaqnin ecuri krejtësisht të ndryshme klinike. Ky hendek diagnostik u kapërcye përmes profilizimit të metilimit të ADN-së në shkallë gjenomike [32]. Studimi i Nassiri et al. (Nature Communications, 2021) analizoi signaturat e metilimit në kohorta të mëdha pacientësh, duke identifikuar klasa epigjenetike të dallueshme që parashikojnë rrezikun e recidivës me një saktësi shumë më të lartë se sa klasifikimi tradicional histologjik [6]. Për shembull, një meningjiomë e klasifikuar histologjikisht si Grada I mund të mbajë një profil epigjenetik të rrezikut të lartë ("high-risk profile"), duke diktuar një strategji monitorimi ose trajtimi adjuvant më agresiv [6]. Ky progres ka sjellë ndryshime rrënjësore, duke u integruar zyrtarisht në klasifikimin e Organizatës Botërore të Shëndetësisë për tumoret e SNC (WHO CNS5, 2021) [5].

Nga Laboratori te Praktika Klinike: Translacioni Epigjenetik

Aplikimi i zbulimeve epigjenetike në shtratin e pacientit (from bench to bedside) është duke u zhvilluar me shpejtësi në tre shtylla kryesore [7, 14]:

1. 1. Diagnostikimi i Avancuar Molekular: Profilizimi i metilimit të ADN-së përmes matricave të dendura (p.sh., methylation array 850K CpG) lejon gjenerimin e një "gjurme dixhitale" (fingerprint) specifike për çdo tumor. Kjo metodologji u mundëson neuropatologëve të klasifikojnë tumoret me histologji të paqartë apo atipike me një saktësi të lartë, duke udhëhequr dizajnimin e terapive të personalizuara [32].
2. 2. Biopsia e Lëngshme (Liquid Biopsy): Detektimi i ADN-së tumorale qarkulluese (ctDNA) dhe i mikroARN-ve specifike në lëngun cerebrospinal (LCS) ose në gjak përfaqëson një revolucion minimalisht invaziv [8]. Kjo qasje mundëson monitorimin e profilit epigjenetik të tumorit në kohë reale, duke lejuar detektimin e hershëm të recidivave përpara se ato të bëhen të dukshme në ekzaminimet neuro-radiologjike (RM) [33].
3. 3. Zhvillimi i Epibarnave (Epidrugs): Prapësimi i modifikimeve epigjenetike përmes agjentëve farmakologjikë përbën një nga strategzitë më premtuese terapeutike [34]. Ndryshe nga kimioterapia konvencionale që shkatërron qelizat përmes citotoksicitetit të papërzgjedhur, epibarnat synojnë "riprogramimin" e qelizës malinje drejt një gjendjeje funksionale normale [7].
4. Inhibitorët e DNMT (DNMTi): Si 5-azacitidina dhe decitabina, të cilat frenojnë metiltransferazat e ADN-së, duke shkaktuar demetilim global dhe riaktivizim të gjeneve supresore të tumorit [35].
5. Inhibitorët e HDAC (HDACi): Si vorinostati dhe panobinostati, të cilat rrisin nivelet e acetilimit të histoneve, duke hapur strukturën e kromatinës dhe duke induktuar apoptozën qelizore [36].
6. Inhibitorët e EZH2: Si tazemetostati, që bllokojnë vendosjen e shënuesve represivë H3K27me3, duke eliminuar popullatat e qelizave staminale tumorale [37, 38].

Figura 3. Translimi klinik i epigjenetikës: rruga nga mostra deri te trajtimi i personalizuar. Hapi 1: marrja e mostrës (biopsie kirurgjikale ose biopsie e lëngshme me ctDNA). Hapi 2: profilizimi epigjenetik (array metilimi, ChIP-seq, ATAC-seq) me analiza bioinformatike. Hapi 3: stratifikimi i riskut dhe klasifikimi molekular që tejkalon histologjinë. Hapi 4: trajtim i drejtuar me epibarnat specifike ose kombinim me imunoterapinë. DNMT-i = inhibitor i DNA-metiltransferazës; HDAC-i = inhibitor i histondeacetilazës; EZH2-i = inhibitor i EZH2; BET-i = inhibitor i proteinave BET.

Konkluzion

Kancerogjeneza nuk mund të interpretohet më si një proces ekskluzivisht gjenetik [10]. Ajo përfaqëson një ndërveprim dinamik midis mutacioneve të sekuencës nukleotidike dhe çrregullimeve të thella në programin epigjenetik [1]. Tumoret e trurit, duke përfshirë glioblastomat, gliomat IDH-mutante dhe meningjiomat, dëshmojnë se profili epigjenetik ofron informacione kritike prognostike dhe parashikuese, të cilat shpesh tejkalojnë aftësitë e vlerësimit histologjik tradicional [5, 6].

Sfidat e ardhshme në neuro-onkologji do të përqendrohen në integrimin e të dhënave multi-omike (gjenomikë, epigjenomikë, transkriptomikë) përmes algoritmeve të inteligjencës artificiale, me qëllim zhvillimin e modeleve parashikuese klinike dhe aplikimin e protokolleve terapeutike të personalizuara [38]. Kodi i fshehur i kancerit është duke u deshifruar me shpejtësi, dhe epigjenetika tashmë është pozicionuar si një shtyllë e patjetërsueshme e onkologjisë precize [7].

Referencat

1. Baylin SB, Jones PA. Epigenetic Determinants of Cancer. Cold Spring Harb Perspect Biol. 2016 Sep 1;8(9):a019505. doi: 10.1101/cshperspect.a019505. PMID: 27194046; PMCID: PMC5008069.

2. Allis CD, Jenuwein T. The molecular hallmarks of epigenetic control. Nat Rev Genet. 2016 Aug;17(8):487-500. doi: 10.1038/nrg.2016.59. Epub 2016 Jun 27. PMID: 27346641.

3. Schoelz JM, Riddle NC. Functions of HP1 proteins in transcriptional regulation. Epigenetics Chromatin. 2022 May 7;15(1):14. doi: 10.1186/s13072-022-00453-8. PMID: 35526078; PMCID: PMC9078007.

4. Saksouk N, Hajdari S, et al., The mouse HP1 proteins are essential for preventing liver tumorigenesis. Oncogene. 2020 Mar;39(13):2676-2691. doi: 10.1038/s41388-020-1177-8. Epub 2020 Feb 4. PMID: 32020053.

5. Louis DN, et al., The 2021 WHO Classification of Tumors of the Central Nervous System: a summary. Neuro Oncol. 2021 Aug 2;23(8):1231-1251. doi: 10.1093/neuonc/noab106. PMID: 34185076; PMCID: PMC8328013.

6. Choudhury A, et al., Meningioma DNA methylation groups identify biological drivers and therapeutic vulnerabilities. Nat Genet. 2022 May;54(5):649-659. doi: 10.1038/s41588-022-01061-8. Epub 2022 May 9. PMID: 35534562; PMCID: PMC9374001.

7. Dawson MA. The cancer epigenome: Concepts, challenges, and therapeutic opportunities. Science. 2017 Mar 17;355(6330):1147-1152. doi: 10.1126/science.aam7304. Epub 2017 Mar 16. PMID: 28302822.

8. Bettegowda C, et al., Detection of circulating tumor DNA in early- and late-stage human malignancies. Sci Transl Med. 2014 Feb 19;6(224):224ra24. doi: 10.1126/scitranslmed.3007094. PMID: 24553385; PMCID: PMC4017867.

9. Decombe S, et al., Epigenetic rewriting at centromeric DNA repeats leads to increased chromatin accessibility and chromosomal instability. Epigenetics Chromatin. 2021 Jul 28;14(1):35. doi: 10.1186/s13072-021-00410-x. PMID: 34321103; PMCID: PMC8317386.

10. Vogelstein B, et al., Cancer genome landscapes. Science. 2013 Mar 29;339(6127):1546-58. doi: 10.1126/science.1235122. PMID: 23539594; PMCID: PMC3749880..

11. Dagogo-Jack I, Shaw AT. Tumour heterogeneity and resistance to cancer therapies. Nat Rev Clin Oncol. 2018 Feb;15(2):81-94. doi: 10.1038/nrclinonc.2017.166. Epub 2017 Nov 8. PMID: 29115304.

12. Feinberg AP. The Key Role of Epigenetics in Human Disease Prevention and Mitigation. N Engl J Med. 2018 Apr 5;378(14):1323-1334. doi: 10.1056/NEJMra1402513. PMID: 29617578; PMCID: PMC11567374..

13. Endersby R, et al., Editorial: Bench to bedside: translating pre-clinical research into clinical trials for childhood brain tumors. Front Oncol. 2023 Aug 17;13:1274465. doi: 10.3389/fonc.2023.1274465. PMID: 37664044; PMCID: PMC10470617.

14. Jones PA, Issa JP, Baylin S. Targeting the cancer epigenome for therapy. Nat Rev Genet. 2016 Sep 15;17(10):630-41. doi: 10.1038/nrg.2016.93. PMID: 27629931..

15. Schübeler D. Function and information content of DNA methylation. Nature. 2015 Jan 15;517(7534):321-6. doi: 10.1038/nature14192. PMID: 25592537.

16. Greenberg MVC, Bourc'his D. The diverse roles of DNA methylation in mammalian development and disease. Nat Rev Mol Cell Biol. 2019 Oct;20(10):590-607. doi: 10.1038/s41580-019-0159-6. Epub 2019 Aug 9. PMID: 31399642.

17. Luger K, et al., Crystal structure of the nucleosome core particle at 2.8 A resolution. Nature. 1997 Sep 18;389(6648):251-60. doi: 10.1038/38444. PMID: 9305837.

18. Bannister AJ, Kouzarides T. Regulation of chromatin by histone modifications. Cell Res. 2011 Mar;21(3):381-95. doi: 10.1038/cr.2011.22. Epub 2011 Feb 15. PMID: 21321607; PMCID: PMC3193420.

19. Greer EL, Shi Y. Histone methylation: a dynamic mark in health, disease and inheritance. Nat Rev Genet. 2012 Apr 3;13(5):343-57. doi: 10.1038/nrg3173. PMID: 22473383; PMCID: PMC4073795.

20. Kim KH, Roberts CW. Targeting EZH2 in cancer. Nat Med. 2016 Feb;22(2):128-34. doi: 10.1038/nm.4036. PMID: 26845405; PMCID: PMC4918227.

21. Bartel DP. Metazoan MicroRNAs. Cell. 2018 Mar 22;173(1):20-51. doi: 10.1016/j.cell.2018.03.006. PMID: 29570994; PMCID: PMC6091663.

22. Rinn JL, Chang HY. Genome regulation by long noncoding RNAs. Annu Rev Biochem. 2012;81:145-66. doi: 10.1146/annurev-biochem-051410-092902. PMID: 22663078; PMCID: PMC3858397..

23. Gupta RA, et al., Long non-coding RNA HOTAIR reprograms chromatin state to promote cancer metastasis. Nature. 2010 Apr 15;464(7291):1071-6. doi: 10.1038/nature08975. PMID: 20393566; PMCID: PMC3049919.

24. Ehrlich M. DNA hypomethylation in cancer cells. Epigenomics. 2009 Dec;1(2):239-59. doi: 10.2217/epi.09.33. PMID: 20495664; PMCID: PMC2873040.

25. Hegi ME, et al., MGMT gene silencing and benefit from temozolomide in glioblastoma. N Engl J Med. 2005 Mar 10;352(10):997-1003. doi: 10.1056/NEJMoa043331. PMID: 15758010.

26. Weller M, et al., EANO guidelines on the diagnosis and treatment of diffuse gliomas of adulthood. Nat Rev Clin Oncol. 2021 Mar;18(3):170-186. doi: 10.1038/s41571-020-00447-z. Epub 2020 Dec 8. Erratum in: Nat Rev Clin Oncol. 2022 May;19(5):357-358. doi: 10.1038/s41571-022-00623-3. PMID: 33293629; PMCID: PMC7904519.

27. Noushmehr H, et al., Cancer Genome Atlas Research Network. Identification of a CpG island methylator phenotype that defines a distinct subgroup of glioma. Cancer Cell. 2010 May 18;17(5):510-22. doi: 10.1016/j.ccr.2010.03.017. Epub 2010 Apr 15. PMID: 20399149; PMCID: PMC2872684.

28. Yan H, et al., IDH1 and IDH2 mutations in gliomas. N Engl J Med. 2009 Feb 19;360(8):765-73. doi: 10.1056/NEJMoa0808710. PMID: 19228619; PMCID: PMC2820383.

29. Allshire RC, Madhani HD. Ten principles of heterochromatin formation and function. Nat Rev Mol Cell Biol. 2018 Apr;19(4):229-244. doi: 10.1038/nrm.2017.119. Epub 2017 Dec 13. PMID: 29235574; PMCID: PMC6822695.

30. Kumar A, Kono H. Heterochromatin protein 1 (HP1): interactions with itself and chromatin components. Biophys Rev. 2020 Apr;12(2):387-400. doi: 10.1007/s12551-020-00663-y. Epub 2020 Mar 6. PMID: 32144738; PMCID: PMC7242596.

31. Goldbrunner R, et al., EANO guidelines for the diagnosis and treatment of meningiomas. Lancet Oncol. 2016 Sep;17(9):e383-91. doi: 10.1016/S1470-2045(16)30321-7. Epub 2016 Aug 30. PMID: 27599143.

32. Capper D, et al., DNA methylation-based classification of central nervous system tumours. Nature. 2018 Mar 22;555(7697):469-474. doi: 10.1038/nature26000. Epub 2018 Mar 14. PMID: 29539639; PMCID: PMC6093218.

33. Ronsley R, et al., Detection of tumor-derived cell-free DNA in cerebrospinal fluid using a clinically validated targeted sequencing panel for pediatric brain tumors. J Neurooncol. 2024 Jun;168(2):215-224. doi: 10.1007/s11060-024-04645-y. Epub 2024 May 16. PMID: 38755519.

34. Mohammad HP, Barbash O, Creasy CL. Targeting epigenetic modifications in cancer therapy: erasing the roadmap to cancer. Nat Med. 2019 Mar;25(3):403-418. doi: 10.1038/s41591-019-0376-8. Epub 2019 Mar 6. PMID: 30842676.

35. Gnyszka A, Jastrzebski Z, Flis S. DNA methyltransferase inhibitors and their emerging role in epigenetic therapy of cancer. Anticancer Res. 2013 Aug;33(8):2989-96. PMID: 23898051.

36. West AC, Johnstone RW. New and emerging HDAC inhibitors for cancer treatment. J Clin Invest. 2014 Jan;124(1):30-9. doi: 10.1172/JCI69738. Epub 2014 Jan 2. PMID: 24382387; PMCID: PMC3871231.

37. Gounder M, et al., Tazemetostat in advanced epithelioid sarcoma with loss of INI1/SMARCB1: an international, open-label, phase 2 basket study. Lancet Oncol. 2020 Nov;21(11):1423-1432. doi: 10.1016/S1470-2045(20)30451-4. Epub 2020 Oct 6. PMID: 33035459.

38. Malta TM, et al., Machine Learning Identifies Stemness Features Associated with Oncogenic Dedifferentiation. Cell. 2018 Apr 5;173(2):338-354.e15. doi: 10.1016/j.cell.2018.03.034. PMID: 29625051; PMCID: PMC5902191.